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Edificada al parecer sobre las ruinas de un pequeño templo románico, en los primeros años del siglo XVI, aunque sufrió una gran restauración a finales del mismo siglo, por orden del lugarteniente del Duque de Alba, D. Sancho Dávila.
La iglesia de San Juan es den la actualidad la única parroquia que se encuentra en el interior del recinto amurallado. En su pila bautismal fueron bautizados Santa Teresa de Jesús y Tomás Luis de Victoria, dos ilustres abulenses. Fue declarada monumento nacional el 13 de abril de 1983.
El exterior de la iglesia es de escasa belleza, su estilo es imitación al gótico y en la cabecera herreriano. La fachada principal, orientada al oeste, esta construida, al igual que el resto de la iglesia, en sillares de granito y reforzado por fuertes machones. En el vértice noroeste se levanta la torre del templo, reedificada en 1692 en estilo barroco y aparejo de ladrillo, sufriendo dos modificaciones posteriores para reducir su altura y achatar el capitel.
En la fachada norte de la iglesia, que forma parte de la plaza del Mercado Chico merece destacarse sobre la base granítica de la torre una puerta de estilo neoclásico, protegida por una marquesina. También existen unas ventanas que en su día sirvieron como terraza para presenciar los actos que se celebraban en la plaza.
El interior del templo es de una sola nave, con enormes bóvedas de bastante mérito, varias capillas laterales y prebisterio en alto. Las bóvedas de las capillas laterales son góticas y sus retablos y altares, neoclásicos o rococó. El retablo mayor es de estilo neoclásico, resaltando el lienzo que representa a San Juan.
Desde el año 1954 se encuentra en la primera capilla lateral izquierda del templo, la imagen de Nuestra Señora de la Esperanza y desde el año 2007 la de Jesús de la Salud. Ambas imágenes pertenecen a la Hermandad de Nuestra Señora de la Esperanza, fundada en 1954 por el Colegio de Agentes Comerciales de Ávila.
Las dos imágenes participan en la procesión del "Encuentro" en la noche del Lunes Santo acompañadas por los cofrades de la Hermandad.